תופעות נפשיות שכיחות לא פחות מאשר בעיות פיזיות אלא שלא תמיד נוטים לדבר עליהן. דיכאון ו/ חרדות יכולות להיות בחומרה קלה או קשה אך בכל מקרה הם יכולים להוות צל כבד על חיי היום יום. להבדיל מהטיפול התרופתי הקונבנציונאלי מטרת ההומאופתיה היא לא רק "להשתיק" את הבעיה או להקל עליה אלא לעזור לגוף ונפש המטופל להגיע לאיזון נפשי ופיזי ע"י תמיכה אנרגטית. הטיפול ההומאופתי יכול להתלוות לטיפול רפואי אחר ועם הזמן יכול להיות שיהיה אפשר להפחית או להפסיק את הטיפול התרופתי הקונבנציונאלי.