הומאופתיה מהווה פתרון מצוין לטיפול במגוון רחב של מחלות במערכת העיכול כגון: תסמונת המעי הרגיז, כיבים, עצירות, שלשול, בטן נפוחה, גזים, קרוהנס ואולצרטיבקוליטיס. מטרת הטיפול ההומאופתי הוא לא רק הפחתה רגעית של כאב הבטן או של כל תסמין אחר אלא פתירה שורשית של הבעיה והטבה לטווח ארוך.